Kontrola podatkowa w firmie prowadzona jest na podstawie art. 281 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa (t.j. Dz. U. z 2017 r. poz. 201; dalej: „Ordynacja”). Zgodnie z tym przepisem organy podatkowe pierwszej instancji przeprowadzają kontrolę podatkową zarówno u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych. Dodatkowo Szef Krajowej Administracji Skarbowej może przeprowadzić kontrolę, która ma na celu sprawdzenie stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi.
Generalnym celem kontroli podatkowej w firmie jest ustalenie czy kontrolowany podmiot dokonuje prawidłowych rozliczeń podatkowych. Prawidłowość rozliczeń w prowadzonej działalności jest zatem podstawą, zapewniającą bezpieczne funkcjonowanie każdego podatnika. Przedsiębiorcy w większości przypadków korzystają z obsługi księgowej dokonywanej przez wyspecjalizowane podmioty zewnętrzne. Minimalizuje to wystąpienie wielu ryzyk, gdyż już na wczesnym etapie mogą być wykryte i usunięte. Jednakże skala prowadzonej działalności oraz różnorodność decyzji biznesowych sprawiają, iż w wielu przypadkach organy podatkowe kwestionują przyjęte metody rozliczeń. Po wszczęciu kontroli podatkowej i dokonaniu stosownych ustaleń, organ sporządza protokół z kontroli podatkowej, w którym zawiera zarzuty co do prawidłowości dokonywanych rozliczeń podatkowych. W takiej sytuacji podatnik powinien złożyć na tym etapie zastrzeżenia i wyjaśnienia do protokołu z kontroli podatkowej. Już bowiem na tym etapie możemy wpływać na ustalenia organu podatkowego i poprzez rzeczową argumentację prawną należycie bronić interesu kontrolowanego podmiotu. Zastrzeżenia do protokołu z kontroli są bowiem istotnym elementem dowodowym w sprawie, w którym przedstawiamy swoje stanowisko. Niejednokrotnie protokół z kontroli podatkowej stwierdzał zawyżenie kosztów podatkowych u kontrolowanego, a prawidłowo przygotowane zastrzeżenia do protokołu z kontroli pozwalają na zamknięcie sprawy na tym etapie i uznanie przez organy podatkowe stanowiska podmiotu kontrolowanego za prawidłowe. Odpowiednio przygotowane zastrzeżenia do protokołu z kontroli mogą skutkować brakiem wszczęcia postępowania podatkowego, którego celem jest zawsze wymiar podatku.
Należy także pamiętać o tym, aby w sporach z organami podatkowymi zapewnić sobie możliwie największe szanse na ochronę własnych interesów. Wiele z tych sporów jest rozstrzygane przez sądy administracyjne, które dokonując zgodności z prawem decyzji wydawanych przez organy podatkowe, oceniają także jakość argumentacji prawnej podnoszonej w interesie podatników.
Z tego względu niezwykle istotne jest aby rzeczowa, spójna i należycie uzasadniona argumentacja prawna w obronie interesów podatnika była prezentowana już na etapie zastrzeżeń i wyjaśnień do protokołu z kontroli. Jeżeli ta pierwotna argumentacja będzie konsekwentnie podtrzymywana przez podatnika także na etapie postępowania podatkowego w pierwszej instancji, w odwołaniu od decyzji skierowanym do Izby Administracji Skarbowej, a następnie w skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, wówczas zwiększa to szanse na uzyskanie korzystnego wyroku sądowego.
